本院歷史沿革共分四個時期，概述如后：
一、陸軍大學教育時期（1951年∼1952年）：
本院前身為『海軍參謀班』，於1951年1月1日於左營奉准成立，院址設於左營軍校路（如圖一、二所示），為因應改行美軍軍事教育制度及軍事教育改革需要，實施軍種戰術指參教育，負責培訓軍種指參人才，為軍種指參教育之
始，黎玉璽少將為第一任班主任。第一期於同年4月16日開學，並訂是日為校慶。1952年3月1日奉令擴編為「海軍指揮參謀學院」，增加課程、充實教育設備，執行海軍軍官指揮參謀教育，並正式納入國軍教育體制。
圖一：民國45年校長周憲章將軍陪同
圖二：左營校址
總司令梁序昭中將巡視校區(左營)
二、聯參與軍種指參大學教育時期（1953年∼1969年）：
國軍深造教育，原分為「三軍聯合作戰教育」與「軍種指揮參謀教育」二階段，由四個學校分別實施。前者由「三軍聯合參謀大學」擔任，後者由陸、海、空軍各指揮參謀大學擔任。本院教育班次，原僅有正規班；1955年2月奉令辦高級補習班，先後共辦兩期，1955年4月創辦初級參謀班（如圖三）。1959年9月1日為健全國軍深造教育體制，奉令升格為「海軍指揮參謀大學」，並於1961年7月1日復創辦研究班，本校教育內容至此益臻完備，確實負起培育海軍將校軍官之重大使命。
圖三：海軍參謀班校門
1967年12月奉命遷移台北大直，同時併編「海軍陸戰隊學校指揮參謀班」成立「海軍指揮參謀學院」，隸屬「三軍大學」。其宗旨為加強對軍種作戰之通識與三軍聯合作戰之人事情報作戰後勤等計畫作為之磨練；加強幹部精神品德涵養與堅定革命意志中心思想及政治作戰與戰地政務之研究（如圖四、五）。
圖四：蔣公至海軍指參學院畢業學官點名
圖五：當時海軍參謀大學上課情形
1969年5月19日，奉總統諭示「各軍種參大與三軍大學之制度，應儘速研究，由三軍大學統轄各軍種參大之擬議，應該整個合併統一之制度，似較合理。無論各軍種參大課程與行政皆歸其統一管理，則與海、空指揮參謀大學遷至台北之政策方能符合。」
遵照以上指示，復於同年12月1日，「三軍聯合大學」及軍種「指揮參謀大學」併編為一校四院之「三軍大學」，原「三軍聯合參謀大學」改稱「戰爭學院」，各軍種「指揮參謀大學」，改稱為軍種指揮參謀學院（如圖六、七）。
圖六：三軍大學校門
圖七：海軍學院成功館
三、三軍大學教育時期（1970年∼2000年）：
1997年6月30日因應國防部『博愛專案』，本院隨三軍大學暫遷移桃園龍潭中興路「武漢營區」，並結合國軍精實案政策；為適應現代化戰爭特性，加重戰略及聯合作戰教育課程，俾符合培養三軍聯戰作業學術之教育目標（如圖八、九）。
圖八：86年三軍大學海軍學院遷校前留念
圖九：三軍大學校區全景
2000年12月1日奉國防部令核定國防大學整併編制調整案，將「海軍指揮參謀學院」改制為「海軍指揮參謀學部」，隸屬「國防大學軍事學院」（如圖十、十一）。
圖十：海軍學院海軍正規班授課情形
圖十一：海軍學院陸戰正規班授課情形
四、國防大學教育時期（2001年∼迄今）：
2006年9月1日，配合國防部「北部地區院校整併」政策，國防大學再次改制，本院回復原編「海軍指揮參謀學院」；2007年7月由桃園龍潭搬遷至八德興豐路率真校區，以培養具備聯合作戰基本學能，熟諳海戰戰略、戰術階層之指揮與一般參謀，及國防管理、軍事社會科學等專業領域作業之中階幹部（如圖十二、三）
圖十二：桃園八德率真校區俯瞰圖
圖十三：海軍指參學院辦公大樓
